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馬英九負面新聞
•2001年納莉颱風來襲時，由於防洪評估錯誤，造成抽水站失效，2/3的台北市區汪洋一片，大水並湧入捷運隧道，並讓台北捷運藍線停駛、捷運台北車站停用長達3個月，臺北交通造成影響，監察院通過糾正案糾正台北市政府，認為台北市政府在納莉風災期間，捷運設施事前未加強防洪整備及緊急應變演練，以及工務局、捷運局與捷運公司橫向聯繫不足，導致捷運系統淹水受創且擴大災情，確有違失。納莉風災造成27人死亡。
•在2001年台北市舉辦亞洲盃女子足球賽期間，台北市議員段宜康等人指控台北市員警取締並沒收民眾自行攜入的中華民國國旗，卻放任中共五星紅旗十二面在場內揮舞而未受到警方干擾。台北市政府的回應是台北市政府只是協辦單位，實際的執行都是配和主辦單位中華民國足球協會。而中華足協同意台北市政府的說法，承認是自己要求警察配合，但矢口否認有強行沒收觀眾國旗的情事，強調是柔性勸導觀眾。中華足協強調這是「奧會模式」，在他們的新聞稿中說「由於中國的五星旗已在國際奧會中登記，但我國登記的是梅花旗，足協依國際大賽的規定辦理，台北市政府只是應主辦單位亞洲足球聯盟的要求，以柔性勸導民眾收起我國國旗，作法並無不妥。」；，在之前臺東舉辦的亞洲溜冰錦標賽，體委會曾解釋「觀眾自發性攜帶國旗進場尚非『奧會模式』規範範圍」，據此解釋觀眾在場邊揮舞國旗，若未乾擾比賽進行，主辦單位都不能幹預。 主辦單位中華民國足球協會事後再認強調，台北市政府只是配合他們的要求，且因為段宜康的批評中華民國足球協會暫時不願再申辦國際比賽。
•2003年SARS期間和平醫院因院內感染而封院，並且召回醫護人員。封院後的隔離政策被院內的醫護人員批評為「無能」及「無情」。但是封院及召回醫護人員乃中央與地方共同的意見，沒有道理要台北市政府獨自承擔政治責任。當時的市立和平醫院林重威 醫師在治療染煞洗衣工時，受感染而犧牲，林父要求台北市政府為封院政策不當道歉，並求償一元。最後法律判決，由國家賠償748萬元。但就如前所述，封院是中央與地方共同的決策。SARS能不能算是馬英九市長任內的負面政績，還有待更多的資料來驗證。
•馬英九的市政府團隊對於老舊市場更新，也常常因為事先規劃不當，造成改建後使用效果不彰。其中建成圓環市場花2億改建失敗、濱江果菜市場花30億改建，屋頂排煙窗漏水、西門市場花1億5千萬改建失敗熄燈、民福市場花10億改建，各樓層天花板偷工減料高度嚴重縮水、大橋市場花1億2千萬改建失敗熄燈、士林夜市花1億6千萬遷至臨時攤位，業績滑落50％，因而廣受各界批評。
•馬市府對於古蹟的保存並不珍惜，蘭州派出所選在放年假夜晚被摸黑剷平，其他如中山橋古蹟、太古巢遺址古蹟，臨濟寺神道、排樓與石碑也都已被拆掉，而孔廟圍牆、明倫堂、萬仞宮牆圍牆及四周古蹟、大龍峒公學校、老師府圍牆、石旗竿、保安宮鄰聖苑圍牆也即將拆除，北台灣文化守護聯盟與大龍峒文史工作室發起連署「反對以北大同文化園區都市更新計畫為名，消滅文物、竄改歷史古蹟原貌」，連署人次超過一萬人，另一方面，馬市府將蔣宋美齡士林官邸、蔣經國七海官邸、孫運璿故宅、李國鼎故宅、嚴家淦故宅、錢穆故宅列為市定古蹟。
•羅斯福路及忠孝西路公車專用道設置，原本是希望能提高市民利用大眾運輸系統，不過由於路線規劃與周圍交通評估失當，造羅斯福路公車專用道在啟用後對道路交通產生負面影響，而忠孝西路公車專用道至今尚未啟用。
•2005年「邱小妹妹人球案」：馬英九宣佈台北市立「聯合醫院」建製成功，擁有全亞洲最多的病床數之後不到半個月的時間，發生邱小妹妹人球案。擁有最多醫療資源與病床的台北市，將在生死交關的邱小妹妹，踢到臺中縣童綜合醫院急救，錯過黃金急救時間。1月15日，台北市衛生局長張珩在市議會證實仁愛院區10日凌晨「有床可用」，引發軒然大波，成為馬英九任內風暴。1月23日下午臺中縣童綜合醫院醫療團隊完成邱小妹妹的腦死判定，邱小妹妹家屬，捐出她的肝與腎。之後張珩局長為此下臺負責。
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同步反擊 府：蔡是民主負面示範
自由時報 – 2011年12月17日 上午4:38〔自由時報記者王寓中、彭顯鈞／台北報導〕蔡英文昨針對宇昌案點名批判馬英九總統，總統府隨後召開記者會回擊，譴責蔡英文在沒有任何證據下，就指控馬總統動員國家機器、啟動檢調偵查。府方批蔡英文此舉才會對台灣民主政治造成重大傷害，是台灣民主的負面示範。
總統府聲明稿強調，在宇昌案中，社會大眾的關切重點，在於蔡英文是否可以清楚、完整地交代事實，只要蔡英文能夠清楚說明、接受公開檢驗，社會自有公評，這也是馬總統對於宇昌案的態度。
聲明稿反駁說，馬總統絕對沒有「動員國家機器」，也絕對沒有指揮特偵組行動。蔡英文不應該用「動員國家機器打擊對手」、「造成民主倒退」這些沒有證據的政治語言誣指馬總統，對馬總統進行不實的嚴厲攻擊，這是台灣民主的負面示範，總統府對此表達遺憾與強烈的譴責。
總統府聲明稿指出，馬總統從政以來，面對外界的各種嚴格檢驗，向來都是以最坦誠的態度面對。過去不論是在特別費案、綠卡事件，以及今年是否曾與陳盈助會面並收受新台幣三億元政治獻金一事被質疑時，馬總統也是在第一時間面對，清楚說明交代，接受外界檢驗。
另外，馬吳競選總部執行副總幹事羅智強指出，蔡英文的記者會，可以用十六個字來形容，就是「避重就輕、以偏概全、轉移焦點、毫無反省」。
羅智強表示，蔡英文沒有針對為什麼宇昌案要跳過專業嚴謹的國發基金審議程序，由不具有生技、醫藥專業的蔡英文自己拍板此一疑點提出說明，也沒有針對為什麼她核准的宇昌案，她卻不顧利益迴避，接任宇昌董事長，形成蔡副院長核准宇昌案給蔡董事長？對這些關鍵問題，蔡主席「避重就輕」，完全沒有回答。
今天無論是哪邊當上了總統總不可能會有過失,只是在於民眾的觀感在於誰的能力比較好
當總統對於失業人口的無能知時我們是不是應該找個自己的活路幫自己多賺點錢呢?
總統府聲明稿強調，在宇昌案中，社會大眾的關切重點，在於蔡英文是否可以清楚、完整地交代事實，只要蔡英文能夠清楚說明、接受公開檢驗，社會自有公評，這也是馬總統對於宇昌案的態度。
聲明稿反駁說，馬總統絕對沒有「動員國家機器」，也絕對沒有指揮特偵組行動。蔡英文不應該用「動員國家機器打擊對手」、「造成民主倒退」這些沒有證據的政治語言誣指馬總統，對馬總統進行不實的嚴厲攻擊，這是台灣民主的負面示範，總統府對此表達遺憾與強烈的譴責。
總統府聲明稿指出，馬總統從政以來，面對外界的各種嚴格檢驗，向來都是以最坦誠的態度面對。過去不論是在特別費案、綠卡事件，以及今年是否曾與陳盈助會面並收受新台幣三億元政治獻金一事被質疑時，馬總統也是在第一時間面對，清楚說明交代，接受外界檢驗。
另外，馬吳競選總部執行副總幹事羅智強指出，蔡英文的記者會，可以用十六個字來形容，就是「避重就輕、以偏概全、轉移焦點、毫無反省」。
羅智強表示，蔡英文沒有針對為什麼宇昌案要跳過專業嚴謹的國發基金審議程序，由不具有生技、醫藥專業的蔡英文自己拍板此一疑點提出說明，也沒有針對為什麼她核准的宇昌案，她卻不顧利益迴避，接任宇昌董事長，形成蔡副院長核准宇昌案給蔡董事長？對這些關鍵問題，蔡主席「避重就輕」，完全沒有回答。
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